湘雅口腔医学院与百年湘雅一脉相承，其前身为原湖南医科大学1986年成立的口腔医学系。

中南大学于2002年将湘雅口腔医学系更名为湘雅口腔医学院。

2011年，成立口腔医学研究所。

2013年，成立中南大学 。

2014年，中南大学对湘雅口腔医学院- -口腔医学研究所实施一体化管理。